Ausgebildet an der Hochschule für Musik in Köln bei Volker Wangenheim und bei Leonard Bernstein und Seiji Ozawa in Tanglewood, profilierte er sich früh mit ungewöhnlichen Projekten und zahlreichen Ur- und Erstaufführungen. 1989 übernahm Markus Stenz die musikalische Leitung des Cantiere Internazionale d’Arte in Montepulciano (bis 1995) und leitete als Chefdirigent von 1994 bis 1998 die London Sinfonietta, das renommierteste britische Ensemble für zeitgenössische Musik. Parallel zu seiner Position als Künstlerischer Leiter und Chefdirigent des Melbourne Symphony Orchestra von 1998 bis 2004 hat Markus Stenz sein Repertoire ständig in Richtung Klassik und Romantik erweitert.

Seit der Spielzeit 2003/2004 ist Markus Stenz Gürzenich-Kapellmeister, ein Jahr später wurde er zum Generalmusikdirektor der Stadt Köln ernannt. Markus Stenz ist zudem Erster Gastdirigent des Hallé Orchestra mit Sitz in Manchester sowie designierter Chefdirigent des Radio Filharmonisch Orkest in Hilversum ab 2012/2013.

Seine zahlreichen CD-Aufnahmen erweitert er derzeit um eine Gesamteinspielung aller Mahler-Sinfonien mit dem Gürzenich-Orchester Köln. Die erste Veröffentlichung mit der 5. Sinfonie, die Gustav Mahler am Pult des Gürzenich-Orchesters 1904 in Köln selbst aus der Taufe gehoben hat, ist in die Bestenliste des Preises der Deutschen Schallplattenkritik aufgenommen worden.

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